导致凌晨3-5点咳嗽的原因有：
1、生物钟调控
人体的生物钟对唿吸系统和免疫系统有一定的调控作用。凌晨3-5点是人体的生物钟中的一段时间，这个时候体温开始升高，肾上腺素分泌增加，可能导致气道通畅度下降，引起咳嗽。肺功能在这个时段可能会出现一些变化，使得咳嗽的发生几率增加。
2、咳嗽刺激因素增加
夜间，特别是在凌晨，空气可能更为干燥，可能导致呼吸道黏膜干燥，引发咳嗽。对于一些敏感的人群来说，可能在夜间更容易接触到一些过敏原，如尘螨、宠物毛发等，也会引发咳嗽症状。
3、心脏疾病影响
一些心脏疾病，特别是充血性心力衰竭，可能导致夜间液体在肺部积聚，引发夜间咳嗽。这种咳嗽通常与体位有关，患者在躺下时咳嗽症状明显，而坐起时缓解。
4、慢性呼吸道疾病
慢性阻塞性肺疾病（COPD）和哮喘等呼吸道疾病可能在凌晨表现出更为明显的症状。凌晨时段，肺功能可能受到一些生理变化的影响，使得呼吸道更易受到刺激，引发咳嗽。
5、胃酸倒流
胃酸倒流是一种常见的夜间咳嗽原因。当胃酸逆流到食道时，可能刺激喉咙和气道，引起咳嗽。这种情况在卧位时更为明显，在夜间尤其容易引发咳嗽。
6、情绪和压力
情绪和压力的变化也可能在凌晨时段引发咳嗽。压力和焦虑可能导致呼吸急促，增加呼吸道刺激，引起咳嗽。