呼吸内镜和纤支镜都是用于检查呼吸道的内窥镜检查工具，但它们在设计、用途和应用方面存在一些区别。
呼吸内镜是一种硬性内窥镜，通常由一系列连接的金属管组成，其直径较大，可用于直接进入气道和气管。呼吸内镜通常用于进行气道检查、病变活检、异物取出、黏膜刷片等操作，以评估呼吸道疾病的病变情况，如肺癌、支气管炎、气道狭窄等。呼吸内镜一般由呼吸内科医生或肺科医生进行操作，在全麻或局部麻醉下进行。
纤支镜是一种柔软的内窥镜，主要由光纤和摄像设备构成，其直径较小，便于进入较小的气道和肺部细支气管。纤支镜主要用于对肺部病变的检查和评估，例如早期肺癌、肺结节、肺部感染等，可以通过支气管镜检查进行观察和取样。纤支镜通常由呼吸内科医生、肺科医生或胸外科医生进行操作，通常在局部麻醉下进行，患者在轻度麻醉状态下通常还可以主动配合。
呼吸内镜主要用于直接进入气道和气管，直接观察病变和进行操作。纤支镜主要用于进入较小的气道和肺部细支气管，主要用于对肺部病变进行观察和取样。呼吸内镜适用于较大的病变和手术操作，而纤支镜适用于较小的病变和细微操作。